Fakultas Agama Islam menawarkan empat program studi yaitu Bahasa Dan Sastra Arab, Tafsir Hadis, Pendidikan Agama Islam, dan Perbankan Syariah dengan memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk menentukan mana yang akan ditempuh. Tidak hanya itu, para mahasiswa yang bukan berasal dari Fakultas Agama Islam, dapat menempuh kuliah di salah satu program studi tersebut, melalui program dual degree. Sejumlah fasilitas telah disiapkan untuk mendukung aktivitas belajar mengajar di dalam kampus yang dinamis dan nyaman. Untuk prodi Bahasa dan Sastra Arab, Tafsir Hadis, dan Pendidikan Agama Islam Alhamdulillah telah memperoleh nilai akreditasi “A” dan akan disusul oleh Perbankan Syariah.
Fakultas Agama Islam Universitas Ahmad Dahlan siap menjadi fakultas yang mampu mengembangkan Pendidikan Agama Islam dan Ilmu Agama Islam yang dijiwai nilai-nilai kemuhammadiyahan dalam skala internasional. didukung oleh Dosen yang Profesional yang mempunyai keahlian pada bidangnya, FAI UAD siap Menjadi “The Best Faculty Of Islamic Studies in Indonesia”